7月2日晚，運營第二天的杭州火車南站西廣場出站層出現大量積水，到站旅客推著行李箱趟水出站。至3日清晨，積水已排清水完成保潔，恢復秩序。

杭州南站位于蕭山區，7月4日0時剛過，“蕭山發布”公布由杭州南站樞紐管理委員會出具的調查結果——《杭州南站雨水倒灌的原因初步查明》。

調查稱，7月2日20時30分許，蕭山城區出現強降雨，達到特大暴雨量級，雨水倒灌入杭州南站西廣場地下通道，導致局部區域積水。發生水情后，杭州南站樞紐管委會會同相關部門第一時間趕赴現場，根據險情啟動杭州南站樞紐突發公共事件總體應急預案，組織力量搶險。7月2日23時30分杭州南站水情基本控制，現場基本恢復。事件未造成人員傷亡，未影響列車運行。

7月3日上午，南站管委會及各相關責任部門就保障乘客無障礙通行、保障南站正常運行等進行專題研討，并初步查明杭州南站雨水倒灌原因：

1.短時特大暴雨量級致使雨水倒灌。根據氣象部門數據，杭州南站區域降水集中，12小時降雨量106.2毫米，小時雨強高達41.3毫米，強降雨導致國鐵站房區域采用排水泵配套DN100的排水設施無法將雨水全部排出，出現積水現象。

2.雨水集中聚集導致排水不暢。西廣場落客平臺及上候車層的多部電梯上方露天，大量雨水直接降至西廣場地下通廊區域，同時站臺層多處雨水管道排水也通過排水泵配套DN100的排水設施處理，現有排水設施無法滿足大量雨水排放需求，導致廣場層積水水位不斷上升并倒灌至地下通廊區域，造成地下通廊局部積水。

杭州南站樞紐管委會表示，針對以上原因，管委會將牽頭協調各責任單位盡快提出整改方案，并抓緊啟動實施；同時，在現有應急預案基礎上，安排值班人員24小時值守，增加人員物資配備，通過科學配置臨時強排泵等設施，密切關注梅雨問題、重點關注臺風暴雨天氣、及時啟動應急預案，確保不再發生類似問題。