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北大學者:結合機器學習,冷凍電鏡進入全原子動力學分析階段

馬愛平/科技日報
2019-01-21 07:53
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“這是《自然》雜志首次發表系統性、優于3.6埃分辨率水平實驗研究超大復合蛋白質機器的動力學過程和原理的論文,標志冷凍電鏡的發展開始進入全原子動力學分析的新階段。”1月20日,北京大學教授毛有東告訴科技日報記者。

本月,北京大學物理學院人工微結構和介觀物理國家重點實驗室、前沿交叉學科研究院定量生物學中心毛有東課題組在《自然》雜志上發表的論文表明,他們通過冷凍電子顯微鏡和機器學習技術的結合,解析了人源蛋白酶體26S在降解底物過程中的七種中間態構象的高分辨(2.8埃—3.6埃)精細原子結構,局部分辨率最高達到2.5埃。

毛有東介紹,這些三維結構展現了驚人的時空連續性,生動呈現了原子水平的蛋白酶體和底物相互作用的動態過程,首次實現了對三磷酸腺苷酶六聚馬達分子內三磷酸腺苷水解全周步進循環完整過程的原子水平觀測和三維建模,發現三種不同的三磷酸腺苷水解協同反應模式,及其如何調控蛋白酶體復雜多樣的功能。

“論文解決了一系列長期懸而未決的重要科學問題,如三磷酸腺苷酶馬達如何將化學能轉化為機械能,進而實現了底物解折疊的協同動力學機制。”該論文的共同第一作者、原課題組博士后、現為中國科學院化學所研究員董原辰說。

論文的共同第一作者、課題組博士生張書文說,這些研究結果為幾十年來對蛋白酶體功能的研究提供了寶貴的第一手原子結構和動力學信息,對于理解生物體內蛋白質的降解過程和一系列負責物質輸運的三磷酸腺苷酶馬達分子的一般工作原理具有極為重要的科學意義。

(原標題:冷凍電鏡發展進入全原子動力學分析階段)

    責任編輯:賀梨萍
    澎湃新聞報料:021-962866
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