1949年之前，萬里已經追隨鄧小平多年。到1958年，他出任北京市副市長，在周恩來的領導下推進了“十大建筑”。這些工程——包括人民大會堂和革命歷史博物館在內，是為了向中華人民共和國建國10周年獻禮。萬里在10個月內完成了極為繁重的工程，其才干開始在黨內廣為人知。當時鄧小平擔任中共中央總書記。

萬里在北京市副市長的職位上工作到“文革”爆發。1975年鄧小平短暫復出期間，萬里被委以重任，出任鐵道部部長，整頓接近癱瘓的鐵路交通，后來又兼任輕工業部副部長。整頓鐵路和提高普通商品供應能力，是鄧小平“清理整頓”“文革”時期經濟政策最重要的舉措。盡管鄧小平很快被再次打倒，但通過這次合作，萬里再次成為鄧小平的得力助手。這種關系貫穿了整個1980年代。

“文革”結束后，中國經濟仍然瀕于崩潰邊緣。交通和工業混亂并未得到改善，而數億以計的農民仍然生活在饑餓、營養不良和無望的貧窮之中。1977年6月，萬里離開中央政府，出任安徽省委第一書記。他到任后不久，安徽省鳳陽縣小崗生產隊的村民們決定平分集體土地，以提振集體經濟低下的生產效率。在歷史上，平分土地是中共召喚農民進行革命的首要承諾，但在1950年代的集體化潮流中，經過土地改革平分給農民的土地又被收歸集體。今天的經濟學家認為，集體化最大限度地為中國工業化貢獻了農業剩余，并且維系著國家對農民的人身控制。小崗村民對集體經濟的挑戰，涉及當時中國意識形態和政治制度的核心問題，很快遭到批判，變成安徽乃至全國性的事件。

在安徽，萬里做出了政治生涯中最重要的決定：對小崗村民的創舉予以庇護，進而把一個修正版的小崗辦法變成全省范圍內的政策。顯然，在最為關鍵的政治角力中，鄧小平支持了萬里。1979年末，他離開安徽。1980年，出任國務院副總理，分管農業。在1980年8月到1982年5月之間，他擔任農委主任。中共的改革政策是從“農口”開始的。整個1980年代里，“農口”都是改革者的搖籃。1982年，萬里當選中央書記處書記，在胡耀邦領導下工作。

萬里留給中國人的形象是明智和順應潮流的。在1980年代的高層政治中，他是推動改革的力量之一。在絕大多數時候，他堅定地支持鄧小平的主張。在決定政策的風格方面，萬里和鄧小平有一個重要而明顯的相似之處，就是講求實用。用鄧小平后來的話說，衡量一項政策是否合理，應該視其是否有利于發展生產力，是否有利于增強綜合國力，是否有利于提高人民的生活水平。作為政治家，講求實用意味著不是從意識形態出發向壁虛構，而是對現實保持敏感，一旦發現有效的做法，就進行總結和推廣。

在中國，這種執掌權力的風格最終被提升到了政治哲學的高度。這種理念本質上是精英主義的，但它承認普通人的創造力，強調政府在現實面前應該保持謙遜，并認為政府的職責是發現和遴選有效的做法，作為政策在更大范圍內推廣。直到今天，這一點還有其價值。萬里在1980年代的經歷，就是對這一理念的最好體現。