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中科院微生物所施一:探索科研無人區,關注冰川凍土下古病毒
從一名科學家的視角來看,盡管新冠病毒造成了巨大的社會和經濟影響,但它并不是最可怕的病毒之一。施一的雄心在于向日益頻繁的新發傳染病主動出擊,“我們尤其要去做通用疫苗、廣譜藥物的研發,未來可能再次發生疫情,我需要有相應的儲備和應對。”
在接受澎湃新聞(www.6773257.com)記者采訪之前,35歲的施一剛剛入選《麻省理工科技評論》“35歲以下科技創新35人”2020年中國區榜單。
施一是中科院微生物研究所最年輕的研究員之一,30歲即晉升為研究員、博士生導師。其本科畢業于浙江大學生物科學專業,2006年至2011年,施一跟隨現中國疾控中心主任、中科院院士高福在中科院微生物研究所進行碩博連讀。博士畢業后,施一曾作為助理研究員、副研究員在中國科學院北京生命科學研究院開展研究,2016年回到中國科學院微生物研究所建立研究組。
用施一的話來說,從2011年博士畢業直至去年,他的重心仍在基礎研究,但新冠疫情“刺激”了他。
“從今年開始,我才真正開始做一些產業化往下推的事情。”“刺激”施一的是他感受到了一種遠水救不了近火的緊迫感,“如果真要去治病救人,不能光靠我的基礎研究發現,所以現在我更希望通過我前面的一些基礎積累,去做藥物、去做疫苗。”
“通過基礎研究去挖掘新的靶點,我們才有先機做到新藥研發,要不然你始終就是拾人牙慧,相當于重復別人已有的概念和技術來做應用,那么在創新性這一塊是相對薄弱的,需要更多的基礎研究去推動。”
在新冠病毒之前,H5N1、H7N9、埃博拉病毒、寨卡病毒都是施一的老對手。在過去的幾年時間里,施一及其團隊揭示了H5N1和H7N9等禽流感病毒跨種傳播的分子機制,并系統地歸納和總結了流感病毒跨種間傳播的結構基礎和傳播規律,該成果與其它相關重要成果一起入選2013年度中國十大科技進展之一。
施一還揭示了埃博拉病毒入侵宿主細胞的分子機制,發現抗病毒抑制劑設計的全新靶點,首次從分子水平證實了第五種病毒膜融合激發機制的存在,這是病毒學領域的一大突破,并入選2016年度中國生命科學領域十大進展之一和中國科學院2016年度十二項重大科技成果“亮點”之一。
在上述這些研究過程中,施一整合了結構生物學、細胞生物學等研究方法。施一在接受采訪時笑言,“經常有人問我跟施一公老師(編者注:著名結構生物學家、現西湖大學校長)是什么關系,我只能說我們在一些研究技術上可能有相似性,然后共同去研究一些生命學的本質現象。”
談及其科研追求,施一對澎湃新聞記者表示,“原來做基礎研究時想的是選擇重大科學問題開展研究,能夠有重大發現,并把我們的發現形成論文在頂刊上發表,這是當時的追求,現在我想的更多的是去追求實實在在地能拿到一些產品,然后這些產品能夠被社會所應用。”施一同時強調,只有當基礎研究足夠扎實的時候,做產品才會成為一件“水到渠成的事情”。
“每次暴發疫情都會緊張”
一場疫情擾動了整個2020年,施一的2020年更是如此。
盡管每隔幾年就會換一種病毒重點研究,但每次暴發疫情仍會給施一帶來緊張感,“去年大年三十那一天本來是決定回老家,然后臨時把票給取消掉了,從大年初一我們科學院就布局了攻關項目,大家就去做相關的研究。”
施一及其團隊在這次疫情中主要從新冠病毒聚合酶入手,從而去了解病毒特性。“我們發現,新冠病毒的聚合酶活性是比 SARS病毒低的,這個認識進一步支持了新冠病毒相對SARS病毒來說其實有一個弱化的特性,這也使得它的傳播會比較廣,因為不容易被察覺,而感染SARS相對來說就有比較明顯的表現。”
此前的5月30日,施一團隊在國際學術期刊Cell Reports在線發表了題為“Structural and biochemical characterization of nsp12-nsp7-nsp8 core polymerase complex from COVID-19 virus”的研究論文,該研究描述了核心聚合酶復合物的近原子分辨率結構,該復合物由nsp12催化亞基和nsp7-nsp8輔助因子組成。
冠狀病毒的復制由其基因組中的開放閱讀框1a(ORF1a)和ORF1ab編碼的一組非結構蛋白(nsps)負責,這些蛋白質組裝成一個多亞基聚合酶復合體,以介導病毒基因組的轉錄和復制。其中,nsp12是具有RNA依賴的RNA聚合酶(RdRp)活性的催化亞基。
施一團隊認為,雖然nsp12本身能夠以極低的效率進行聚合酶反應,而nsp7和nsp8輔助因子的存在會顯著促進其聚合酶活性。因此,他們將nsp12-nsp7-nsp8亞復合體定義為介導冠狀病毒RNA合成的最小核心組件。
研究結果顯示,上述復合物結構與SARS-CoV中相對應的結構高度類似,具有典型的RNA依賴的RNA聚合酶的保守基序,并暗示了輔助因子激活的機制。生化研究則表明,與SARS-CoV病毒相比,SARS-CoV-2病毒核心聚合酶復合物的活性降低,單個亞基的熱穩定性降低,提示其具有更好的人適應性特征。
值得注意的是,由于宿主的免疫選擇,病毒的表面抗原蛋白易于發生“漂移”,與之相比,病毒聚合酶發生突變的概率較小,并且具有更高的進化穩定性,顯示出作為高效抗病毒藥物靶標的巨大前景。施一等人認為,了解SARS-CoV-2聚合酶復合物的結構和功能是開發新型治療藥物的必要前提。
施一在接受采訪時還著重提到,“我們也從聚合酶的角度來去分析了一些具體的進化細節,新冠病毒應該是動物起源的,而不是說是人為改造的。”
在上述的論文中,施一等人寫道,分子流行病學研究角度發現SARS-CoV和SARS-CoV-2可能都來源于蝙蝠,而此前的流行病學動力學分析則顯示,SARS-CoV并沒有完全適應果子貍和人這些宿主,SARS-CoV-2卻表現出在人群中高效的復制和傳播,并且迄今為止還沒找到確切的中間動物宿主,提示這兩種病毒在進化上存在較大差異。
另外,相關研究發現,人體體溫要低于蝙蝠體溫,在飛行時蝙蝠體溫可高達40攝氏度以上。施一等人此次研究發現,SARS-CoV-2病毒核心聚合酶復合物亞基的熱穩定性降低,這暗示了SARS-CoV-2病毒可能經過長期進化,已經比SARS-CoV病毒具有更好的人適應性特征。
然而,對于新冠病毒究竟從哪里來?施一認為這不是一個容易回答的問題。“實際上病毒溯源不僅僅簡單的某方面研究,它需要結合流行病學,而流行病學證據是會湮滅在歷史當中,在某個階段可能會存在一些生物學的樣本證據,過了半年或者更久之后,這個證據就不可能再繼續存在了。”
除了新冠相關的科研工作,施一在上半年還承擔了一些科普工作。“包括集合了一批青年科學家們,把相關的新冠知識告訴大眾、避免恐慌,能夠讓他們更好地了解新冠病毒。 ”
新藥研發不能“拾人牙慧”
施一還談到,其團隊最近更多的工作則是圍繞上述聚合酶來開發新的抗病毒藥物。目前大家熟知的針對聚合酶的藥物有瑞德西韋、法匹拉韋等,但在此次疫情中它們的臨床治療效果還有待改善。
“我們最近靶向新冠聚合酶的輔因子結合靶點開展藥物篩選,發現有一些多肽藥物在細胞水平表現出不錯的抗病毒效果,所以我們想繼續推動這種新型的廣譜性抗病毒藥物的研發。”施一對澎湃新聞(www.6773257.com)記者表示,“廣譜藥物的研發需要考慮有效性和安全性之間的平衡,之所以現在廣譜藥它有存在安全性的問題,是因為從它的靶點選擇來講相對特異性低,容易產生副作用。”
施一認為,科學家需要突破現有的靶點概念去找到病毒相對特異又保守的靶點,去做相應的藥物研發,獲得有效性、安全性、廣譜性都兼具的藥物。
今年以來,施一希望和產業界發生更為密切的聯系,用他自己的話說,這多少和疫情的“刺激”有關。“從今年開始,我才真正做一些產業化往下推的事情,以前都是在做一些基礎發現,是以基礎研究的論文形式為主,今年也是受到新冠疫情的刺激。”
施一回憶,“在上半年的時候,我就發現你要實際去救這些病人的話,你不是靠你的基礎研究發現,相當于遠水救不了近火,有這么一種急迫感。”他尤其想要做的是廣譜藥物和通用疫苗的研發,“就是為了未來可能再次發生疫情,我們要做出相應的前瞻性儲備和應對。”
在這個過程當中,施一認為必然要把企業納入進來,這樣才能夠更好落地。“今年的新冠疫情,使得我們意識到科研單位必須跟企業緊密聯合。”施一以此次的一些疫苗和抗體開發舉例,“前期跟公司就是有合作的,所以說這一次在新冠當中,我們能夠比較快地推進。”
在科研工作之余,施一還擔任中國科學院青年促進會理事長、中國青年科技工作者協會理事。基于這些職責,他提到未來還想推動青年科學家和青年企業家之間的對話,“現在也在推動系列的活動,讓青年科學家去了解在市場、企業界有什么樣的實際需求;青年科學家也去展示我們能做什么樣的科學研究,我們有什么樣的科學能力去幫助解決企業的實際需求。”
對藥物研發這樣的醫學領域來說,施一認為這樣的交流不僅限于青年科學家和青年企業家之間,還需要納入醫院和醫生,“這三方之間必須形成一個密切的交流和配合,未來才能夠更好地去應對我們所面臨的問題。”
當然推向產業化的基礎更是多年來基礎研究積累后的“水到渠成”。“其實我前面的時間都以基礎研究為主,那時候主要是去挖掘一些可能的藥物靶點。”
新藥發現到底怎么做?在施一看來,關鍵的一點就是通過基礎研究,“通過基礎研究去挖掘新的靶點,我們才有先機做到新藥研發,要不然你始終就是拾人牙慧,相當于重復別人已有的概念和技術來做應用,那么在創新性這一塊是相對薄弱的,需要更多的基礎研究去推動。”
施一在接受澎湃新聞(www.6773257.com)記者采訪時還談到其對新冠疫苗的一些觀點。“今年疫苗的推動其實是非常快的,比我們正常的疫苗推進得快了很多,我們所擔心的就是它的一個安全性,會不會引來一些副作用?”
他提到的一點即為廣泛討論的抗體依賴增強作用(ADE)。ADE表現為在疫苗免疫一段時間后,病毒再次感染人體時病毒的復制不會被抑制反而會被促進,意味著一部分人在接種了疫苗之后,其自身產生的一些非保護性抗體會導致疾病的加重。在SARS時期,科學家曾在猴子身上做過SARS病毒疫苗測試,結果是存在ADE現象,但后來因為疫情的終止而中斷了相關疫苗的研發。
施一談到,針對新冠病毒的疫苗研發也有這方面的思考,而截至目前科學界也無法完全排除新冠疫苗會產生ADE的可能性。“我們還沒法判斷,因為ADE的發生是你打完疫苗過了一年左右的時間,當你的保護性抗體水平下降的時候才可能會產生的一個效應,那么現在我們的疫苗都還沒有到這個時間,所以我們現在還沒法去評估它是不是會產生ADE副作用。”
施一強調,“我們沒法等待太多,因為現在很多國家已經隔離了很長一段時間了,國與國之間的交流基本也是斷的。”從這一角度考慮,他認為還是要推動一些疫苗具體往下走,如果未來保護性抗體水平發生下降,我們可以通過再次接種疫苗來加強免疫保護。
未來新冠疫苗仍需要長期追蹤。“疫苗的保護性能夠持續多長時間,這個是我們需要持續跟蹤的。當疫苗接種完以后,在一年或者是更長時間里頭,它有沒有可能會產生副作用,這也是我們需要思考的。”施一表示。
針對目前多條路線下的在研疫苗,施一認為各有優缺點,沒法去直接評判哪種疫苗最為合適。“只能說哪一款疫苗最合適我們國家,我們就往下推。這里面不僅考慮它的有效性和安全性,甚至還要考慮它的可及性、生產能力等。”
踏入科研“無人區”:探索冰川凍土的古病毒
施一的研究也不全在“熱門”領域,他向澎湃新聞(www.6773257.com)記者介紹了他今年以來對一塊相對“冷門”的領域產生興趣。
“未來我還會研究更多的病毒,不局限于現在這種新發突發的病毒。”他提到目前其更關注的是古病毒。值得注意的是,近年來伴隨著氣候變化的一個現象是北極地區永久凍土的融化,而越來越多的科學家開始擔憂,這會讓病毒的潘多拉盒子打開。
“現在氣候發生變化、全球生態發生變化,其實在冰川和凍土這些極端環境里,它往往埋藏著一些史前的病原微生物,我們現在需要花比較大的力氣去了解這些病原微生物,包括病毒在內,去了解它的基本特性,做好前瞻性的防御。”
這項研究需要和地質地理學家、古生物學家等跨學科交叉合作。談及未來的計劃,施一提到首先我們主要聚焦于采集樣本進行分析,“然后我們再去根據樣本的信息去做一些實驗室的判斷,它到底是不是具備致病特性和傳播可能性。”
施一在接受采訪時坦言,其本人并不排斥站在聚光燈下,“適當的曝光能夠使個人獲得更多的關注和支持。”但他強調,科學的本質是需要靜下心來潛心研究,“科學家們更需要在某個領域自己去深耕,能夠坐得住‘冷板凳’,而且更多的是去探索一些‘無人區’。”
探索冰川凍土的古病毒,目前對施一而言就是一片“無人區”。
“它不見得能夠在短期內產生很大的影響,但是我覺得需要有人去做這件事情,你要前瞻性地去做這件事,去深耕‘無人區’,把它做成我們所了解的一個領域。”
35歲的施一尚屬于青年科學家陣列,青年科學家眼下的環境如何?施一認為,“總體而言,國家現在非常重視青年科學家,給予青年科學家更多的機會,但在這個過程當中難免會出現一些可能不是完全公平的情況,但總的來說是往好的方向在發展。”
在他看來,積極主動做事情是解決問題的關鍵,“我的成長過程當中,得益于諸多前輩科學家的指導和影響。當然你不能祈求整個世界都給你一個非常公平、非常友好的環境,逆境可能更能鍛煉你的能力,你通過自己的努力去改變現在自己的困境,讓它變成順境。”施一認為這是青年科學家更需要培養的一種能力。”
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