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中國研發(fā)診斷工具可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染
原創(chuàng) 柳葉刀 柳葉刀TheLancet
“EBioMedicine是柳葉刀旗下的金色開放獲取期刊,致力于發(fā)表與疾病發(fā)生發(fā)展以及治療相關(guān)的原創(chuàng)性研究,以期幫助人們理解和健康相關(guān)的各個生物醫(yī)學領(lǐng)域。柳葉刀微信號特別推出EBioMedicine編輯精選論文合輯,分享給讀者。”
論文精選
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一種基于CRISPR-Cas12a的特異增強技術(shù),可更靈敏地檢測SARS-CoV-2感染
由嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)引起的新冠肺炎,已經(jīng)造成全球性大流行。rRT-PCR技術(shù)是目前COVID-19分子診斷的金標準,然而, rRT-PCR診斷的準確性經(jīng)常受到Ct值過高引起的假陽性或者假陰性問題的挑戰(zhàn)。
上海師范大學、中國科學院分子植物科學卓越創(chuàng)新中心/植物生理研究所、深圳大學醫(yī)學院的科學家合作建立了一種基于CRISPR的診斷技術(shù),即PCR擴增核酸特異增強(SENA)技術(shù),并證明SENA的每次反應LoD至少比rRT-PCR少兩個拷貝。
SENA是一種安全、簡單、穩(wěn)定、快速、低成本的診斷工具,不需要額外的儀器。更重要的是,它可以有效地消除基于PCR的診斷的不確定性問題,因而在COVID-19診斷和許多其他臨床應用中具有巨大的應用潛力。
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CUP AI Dx:一種利用RNA基因表達數(shù)據(jù)和人工智能推斷癌組織來源和分子亞型的工具
未知原發(fā)性癌癥(CUP)指存在轉(zhuǎn)移性腫瘤,但是臨床和組織病理學未能發(fā)現(xiàn)原發(fā)性病變的腫瘤。免疫組化檢測是用來識別腫瘤的細胞角蛋白和有限數(shù)量的細胞類型特異性抗原。利用基因表達、DNA甲基化和突變分析來診斷原發(fā)性組織的檢測方法提高了針對轉(zhuǎn)移性腫瘤的檢測能力。然而,這些測試缺乏對重要腫瘤類型分類的代表性,依賴于常規(guī)實驗室不常用的專業(yè)平臺,并且不能識別已經(jīng)被泛癌基因組研究識別的腫瘤分子亞型。
美國和澳大利亞的學者設(shè)計了一個深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,利用來自兩個最大的泛癌基因組聯(lián)盟癌癥基因組圖譜(TCGA)和國際癌癥基因組聯(lián)合會(ICGC)的32種癌癥類型的RNA序列基因表達來識別腫瘤的主要起源。作者還開發(fā)了一個機器學習分類器,一旦預測了腫瘤的主要來源,就可以識別11種癌癥類型的分子亞型。該分類器可以廣泛應用于具有RNA測序數(shù)據(jù)的臨床樣本。
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活疫苗感染負載可引起預防寨卡病毒感染所需的適應性體液和細胞免疫
針對寨卡病毒等黃病毒的疫苗研發(fā)喜憂參半,盡管已經(jīng)確定了許多潛在的候選疫苗。缺乏對疫苗固有屬性的了解限制了其發(fā)展,對已經(jīng)被證明成功的黃熱病減毒活疫苗(YF17D)的研究發(fā)現(xiàn),先天免疫反應的大小以及疫苗負荷持續(xù)時長與最終的中和抗體滴度有關(guān)。然而,疫苗負載的持續(xù)時間是否在功能上決定疫苗的免疫原性和有效性仍有待確定。
來自新加坡國立大學的一項研究強調(diào)疫苗負載在開發(fā)針對寨卡病毒感染的適應性免疫反應中的關(guān)鍵作用。這項研究還表明,一個A129小鼠模型研究說明,成功的寨卡病毒疫苗必須誘導體液免疫和細胞免疫,以達到殺菌免疫和防止寨卡病毒傳播的目的。該研究結(jié)果可以指導未來寨卡病毒和其他黃病毒疫苗的開發(fā)。
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綜合多組學研究揭示了人類后代輔助生殖技術(shù)的表觀遺傳學風險
輔助生殖技術(shù)(assisted reproductive technologies,ART)會引起后代表觀遺傳異常。以往研究主要集中在ART對少量基因或重復元件的表觀遺傳影響。北京大學附屬第三醫(yī)院喬杰院士團隊通過系統(tǒng)地分析DNA甲基體、四個全基因組組蛋白修飾和后代的轉(zhuǎn)錄組,揭示了不同ART程序?qū)Ρ碛^基因組產(chǎn)生的獨特的或者普遍的影響。研究表明,ART誘導的表觀遺傳改變傾向于遠離活躍的順式調(diào)控元件。而且,ART產(chǎn)生的雙胞胎其DNA甲基體的相似性降低, 證實了后代中DNA甲基組的很大比例的變化可以由他們的父母背景偏差來解釋。同時,作者首次報道了ARTs對四種不同組蛋白修飾(H3K4me3、H3K4me1、H3K27me3和H3K27ac)的全基因組影響。IVF-ET幾乎對兩種組蛋白修飾都沒有干擾。H3K4me3是ICSI和凍融過程中受影響最大的組蛋白修飾。該研究為了解ART后代長期健康風險研究提供了表觀遺傳學基礎(chǔ)。
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基于白細胞介素-6和白細胞介素-10比值預測COVID-19的預后
新冠肺炎患者的循環(huán)細胞因子水平升高并快速發(fā)展為急性呼吸窘迫綜合征。都柏林-波士頓評分基于白細胞介素(IL)-6與白細胞介素-10比值隨時間的變化,并確定住院患者存在發(fā)生不良結(jié)局的風險。愛爾蘭皇家外科學院的科學家評估了該評分及其衍生的IL-6:IL-10的變化,研究顯示其明顯優(yōu)于單獨使用IL-6的預測能力。細胞因子平衡的改變可預測臨床進展,并可用于指導臨床決策。對預后的預測有助于確定何時升級或降級護理,這是當前新冠肺炎大流行期間有效分配資源的關(guān)鍵。
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高血壓與海馬連接減少和記憶受損有關(guān)
高血壓與記憶和認知有關(guān)。有報道稱高血壓患者大腦某些區(qū)域的結(jié)構(gòu)改變。復旦大學和英國華威大學的科學家在一項由英國生物銀行19507名參與者參與的神經(jīng)影像學研究證實,高血壓病史與海馬體的功能連通性降低有關(guān),還與顳下皮質(zhì)、后扣帶回皮質(zhì)和背外側(cè)前額葉皮質(zhì)有關(guān)。海馬功能連接的降低導致前瞻性記憶評分的降低。在很大的收縮壓范圍內(nèi),海馬功能連接的降低和記憶障礙之間存在一種分級線性關(guān)系。該研究對高血壓的臨床治療具有重要意義。
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脂毒性對囊性纖維化的作用
囊性纖維化(CF)是一種常染色體隱性遺傳疾病,由CFTR基因突變引起,CFTR基因編碼位于上皮細胞頂端表面的氯離子通道。長期觀察發(fā)現(xiàn)CF患者組織缺乏不飽和脂肪酸(UFA). 然而,這種缺陷對疾病病因的影響一直是爭論的焦點。法國瓦捷大學(Universite de Poitiers)學者撰寫綜述討論脂毒性對囊性纖維化的作用。綜述首先強調(diào)人們對脂肪酸失調(diào)的普遍共識,雖然有些共識來源于明顯矛盾的研究。在第二部分中,作者基于膜生物物理特性的改變(即脂肪中毒),提出了一個統(tǒng)一的機制來解釋這些脂肪酸失調(diào)在CF細胞中的潛在影響。最后,本文還討論了脂肪中毒對CF疾病進展的影響以及它如何影響目前治療的療效。END
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